A religiosidade em Waterdeep é diversa e tolerante, refletindo a natureza cosmopolita da cidade. Muitos deuses têm templos, shrines ou seguidores influentes entre a população.
Estes deuses têm templos dedicados e uma presença significativa na estrutura de poder da cidade.
Tempus (Senhor das Batalhas): O deus da guerra é ironicamente um dos mais importantes para manter a paz em Waterdeep. Seus seguidores (e a ameaça de sua intervenção) ajudam a garantir que os conflitos entre guildas e nobres não escalem para violência aberta nas ruas. Seu templo, O Campo de Batalha, é uma fortaleza no distrito do Castelo.
Tymora (Senhora da Fortuna): A deusa da sorte e da boa fortuna é extremamente popular em uma cidade de mercadores, aventureiros e jogadores. Quase todos em Waterdeep rezam a ela em algum momento. Seu templo, a Casa da Donzela Sorridente, fica no distrito do Comércio.
Lathander (O Senhor do Amanhecer): O deus do nascimento, renovação, juventude e vitalidade é adorado pela nobreza e por cidadãos comuns que buscam um novo começo. Seu templo, o Templo do Despertar, é um marco arquitetônico majestoso no distrito do Castelo.
Sélune (Nossa Senhora da Prata): A deusa da lua, dos navegantes, dos viajantes e dos segredos tem um culto antigo e profundamente arraigado em Waterdeep. Seu templo principal é o Selúnite (Templo da Lua Prateada), no distrito do Mar.
Oghma (O Bardo): O deus do conhecimento, invenção e inspiração é naturalmente venerado em uma cidade que é um centro de cultura e aprendizado. Sábios, escribas, artistas e bardos são seus devotos. Seu templo é a Casa da Inspiração, no distrito do Castelo.
Denir (O Escritório): O deus dos escribas, historiadores e banqueiros. Sua importância em Waterdeep, um centro comercial, é inquestionável. Seu templo, O Escritório Sagrado, funciona quase como um banco e um cartório gigante, também no distrito do Castelo.
Gond (O Maravilhoso): O deus da arte, artesanato, invenção e tecnologia tem uma forte guilda de seguidores (os Gondar) e um templo impressionante, o Templo do Fogo Maravilhoso, no distrito do Comércio, cheio de engenhocas e fumaça.
Helm (O Vigilante): O deus da proteção e vigilância é respeitado pelos Guardas da cidade e por qualquer um que valorize a segurança. Seu templo é a Vigia Vigilante de Helm, no distrito do Castelo.
Mystra (A Senhora dos Mistérios): A deusa da magia é, obviamente, crucial em uma cidade repleta de magos, como os poderosos Lordes Magos. Seu templo, a Casa das Maravilhas, fica no distrito do Castelo.
Sune (Senhora do Amor): A deusa da beleza, amor e paixão tem um templo elegante, a Coração do Fogo, no distrito do Sul, e é popular entre a nobreza e os artistas.
Waukeen (A Mercadora Neutra): A deusa do comércio, riqueza e negócios é uma das divindades patronais de Waterdeep. Seu grande templo dourado, o Templo da Abundância, fica no distrito do Comércio.
Mask (O Senhor das Sombras): O deus dos ladrões e dos segredos obviamente não tem um templo público, mas seus seguidores estão ativos nas guildas de ladrões e nos becos escuros da cidade.
Kelemvor (O Juiz dos Mortos): O deus da morte e dos mortos garante que os espíritos descansem em paz, uma função vital para qualquer grande cidade. Seu templo, a Torre do Julgamento, fica no distrito da Cidade dos Mortos.
Ilmater (O que Sofre): O deus da perseverança, compaixão e mártir é adorado pelos pobres, doentes e oprimidos. Seus seguidores administram muitos abrigos de caridade pela cidade.
Savras (O de dos Olhos Verdes): O deus da adivinhação e do destino verdadeiro tem seguidores entre videntes e magos divinos. Seu santuário fica dentro do templo de Oghma.
Waterdeep tem uma grande população de anões, elfos e meio-elfos, que trazem suas próprias divindades.
Moradin (O Criador de Almas): O deus-pai dos anões é venerado no Salão Sagrado no distrito do Monte (a parte anã da cidade).
Corellon Larethian (Criador dos Elfos): O deus principal dos elfos é adorado no Templo do Bosque Cantante no distrito do Norte, que serve à comunidade élfica.